Hilangnya Luther saat beliau kembali ke Wittenberg telah direncanakan. Friedrich III mengatur skenario pencegatan di hutan dekat Wittenberg dalam perjalanan pulangnya Luther, oleh para penunggang kuda bertopeng yang meniru para perampok jalanan. Mereka membawa Luther masuk ke dalam pengamanan Kastel Wartburg di Eisenach.[61] Selama berada di Wartburg, yang disebutnya sebagai "Patmos saya",[62] Luther menerjemahkan Perjanjian Baru dari bahasa Yunani ke dalam bahasa Jerman serta menghasilkan tulisan-tulisan doktrinal dan polemik. Di antara karya tulisnya terdapat satu serangan baru terhadap Uskup Agung Albertus dari Mainz, yang beliau buat merasa bersalah sehingga menghentikan penjualan indulgensi dalam keuskupan-keuskupannya,[63] dan "Sanggahan atas Argumen Latomus," yang di dalamnya beliau memaparkan prinsip pembenaran kepada Jacobus Latomus, seorang teolog ortodoks dari Leuven.[64]

Dalam karya tulis tersebut, salah satu pernyataannya yang paling tegas terkait iman, beliau berargumen bahawa setiap perbuatan baik yang dimaksudkan untuk menarik hati Tuhan adalah dosa.[65] Pada hakikatnya semua manusia adalah para pendosa, jelasnya, dan kasih karunia atau rahmat Tuhan semata dapat membuat mereka benar. Pada 1 Agustus 1521, Luther menulis kepada Melanchthon dengan tema yang sama: "Jadilah seorang berdosa, dan biarlah dosa-dosamu bertambah kuat, namun biarlah kepercayaanmu kepada Kristus bertambah lebih kuat, dan bersukacitalah dalam Kristus yang adalah pemenang atas dosa, kematian, dan dunia. Kita akan berbuat dosa selagi kita berada di sini, kerana hidup ini bukanlah suatu tempat keadilan berada."[66]

Pada musim panas tahun 1521, Luther memperluas sasarannya dari kesalehan-kesalehan individual, seperti indulgensi dan ziarah, hingga meliputi doktrin-doktrin di jantung praktik Gereja. Dalam Tentang Penghapusan Misa Privat, beliau mengecam sebagai penyembahan berhala gagasan bahawa misa merupakan suatu pengurbanan, seraya menyatakan bahawa misa merupakan suatu anugerah atau pemberian, untuk diterima dengan ucapan syukur oleh seluruh jemaat.[67] Esainya yang berjudul Tentang Pengakuan, Apakah Paus Memiliki Kuasa untuk Mensyaratkannya menolak pengakuan wajib serta mendorong dilakukannya pengakuan dan absolusi privat, kerana menurutnya "setiap orang Kristen adalah seorang pendengar pengakuan (beichtvater)".[68] Pada bulan November, Luther menulis Penghakiman Martin Luther tentang Kaul-Kaul Monastik. Beliau meyakinkan para rahib dan biarawati kalau mereka dapat melanggar kaul-kaul (sumpah religius) mereka tanpa berdosa, kerana beliau beranggapan bahawa kaul merupakan suatu upaya yang haram dan sia-sia untuk memperoleh keselamatan.[69]

Pada 1521, Luther banyak menyinggung nubuat, yang di dalamnya beliau memperluas dasar-dasar Reformasi Protestan, menempatkan dasar-dasar itu pada iman profetik. Minat utamanya berpusat pada nubuat Tanduk Kecil dalam Daniel 8:9–12, 23–25. Antikristus dalam 2 Tesalonika 2 diidentifikasinya sebagai kuasa kepausan. Tanduk Kecil dalam Daniel 7, yang beliau tafsirkan timbul dalam wilayah Kekaisaran Romawi yang terbagi-bagi, dilihatnya sebagai Kekaisaran Turki ataupun kepausan.[70][71]

Luther membuat pernyataan-pernyataannya dari Wartburg sehubungan dengan perkembangan pesat di Wittenberg, situasi yang tetap beliau pantau sepenuhnya. Andreas Karlstadt, yang didukung oleh seorang mantan anggota tarekat Agustinian bernama Gabriel Zwilling, memulai suatu program reformasi radikal di sana pada Juni 1521, melampaui apa yang dapat dibayangkan oleh Luther. Reformasi-reformasi tersebut memicu pergolakan, termasuk suatu pemberontakan oleh para frater Agustinian melawan prior mereka, penghancuran patung-patung dan gambar-gambar di berbagai gereja, serta pengecaman secara terbuka terhadap jabatan hakim (magistrat). Setelah mengunjungi Wittenberg secara diam-diam pada awal Desember 1521, Luther menulis Suatu Peringatan yang Tulus oleh Martin Luther kepada Semua Orang Kristen untuk Waspada terhadap Kerusuhan dan Pemberontakan.[72] Wittenberg menjadi semakin tidak stabil setelah Natal ketika sekolompok orang fanatik dan visioner, yang disebut nabi-nabi Zwickau, tiba untuk mengajarkan doktrin-doktrin revolusioner seperti kesetaraan absolut manusia dalam kepemilikan bersama, baptisan dewasa, dan kedatangan Kristus dalam waktu dekat.[73] Saat dewan kota meminta Luther untuk kembali, beliau memutuskan bahawa adalah tugasnya untuk bertindak.[74]